Modul EDI biasanya terdiri daripada beberapa komponen utama yang bekerjasama untuk menyeragamkan dan mengautomasikan penghantaran data antara perusahaan. Secara umum, ia boleh dibahagikan kepada lapisan penukaran data, lapisan penghantaran komunikasi, lapisan pemetaan perniagaan dan lapisan penyepaduan sistem, masing-masing mempunyai tanggungjawabnya sendiri.
Penukaran data dan modul pemetaan adalah salah satu komponen teras EDI. Ia bertanggungjawab untuk menukar data mentah daripada sistem perusahaan dalaman (seperti data ERP atau CRM) kepada mesej EDI yang mematuhi format standard, seperti EDIFACT atau ANSI X12. Pada masa yang sama, ia juga bertanggungjawab untuk menghurai terbalik data daripada rakan kongsi luaran, menukarnya kepada data berstruktur yang boleh dikenali oleh sistem dalaman perusahaan. Peraturan pemetaan medan dan peraturan pengesahan data memainkan peranan penting dalam proses ini.
Modul komunikasi dan penghantaran bertanggungjawab terutamanya untuk penghantaran selamat mesej EDI antara perusahaan yang berbeza. Kaedah biasa termasuk rangkaian VAN, protokol AS2 atau kaedah penghantaran berasaskan API-. Modul ini biasanya juga termasuk baris gilir mesej, mekanisme cuba semula dan pemantauan status penghantaran untuk memastikan penghantaran data yang boleh dipercayai walaupun dalam persekitaran rangkaian yang kompleks.
Modul integrasi dan pengurusan sistem digunakan untuk membenamkan keupayaan EDI ke dalam sistem perniagaan sedia ada perusahaan. Ia biasanya disepadukan secara mendalam dengan ERP, WMS atau sistem pengurusan rantaian bekalan untuk mengautomasikan proses perniagaan seperti pemprosesan pesanan, penghantaran dan penyesuaian. Pada masa yang sama, modul ini menyediakan pengelogan, pengendalian pengecualian dan fungsi pemantauan, memudahkan penjejakan dan pengurusan proses pertukaran data untuk perniagaan.